Leta 1599 se prvič omenja kovaški ceh, čeprav so kovači imeli svoja cehovska pravila že pred letom 1599. Leta 1716 jim jih je potrdil cesar Karel VI., v njih pa je zapisano, da gre samo za izpopolnjena pravila, ki jih je že leta 1599 izdal nadvojvoda Ferdinand II. Ohranjena so tudi pravila, ki jih je kovačem leta 1752 izdala Marija Terezija. Spočetka so ti izdelovali vse izdelke iz železa, sledila pa je delitev dela, tako da se v dokumentih iz začetka 17. stoletja omenjajo npr. mariborski podkovni kovači.

1600

6. januarja je v Maribor prispela deželnoknežja komisija, ki jo je vodil sekovski škof Martin Brenner. Z reformacijsko komisijo je prišlo v mesto okoli tisoč vojakov, ki so po navodilu deželnega kneza mesto zaprli in začeli zasliševati vplivne meščane. Medtem so vojaki pred rotovž na kup znosili protestantske knjige in jih sežgali. Plemiče, ki so se zavedali svojega položaja in so zato ostali trdni v svojem prepričanju ter s tem dajali slab zgled drugim meščanom, so izgnali iz mesta.

1601

6. maja opoldne je izbruhnil požar v hiši Ludvika Himelstainerja na Koroški cesti, povzročil pa ga je strel iz puške hišnega hlapca. Ogenj je tedaj uničil večino hiš svetne in cerkvene gosposke ter meščanov kakor tudi javne zgradbe: rotovž, bastije, stolpe, most in župnijsko cerkev, katere stolp se je kasneje skupaj z zvonovi zrušil. V tem požaru je ostal nedotaknjen le del mesta od deželnoknežjega gradu do salzburške kleti, ki je bila tedaj v rokah hrastovške gospoščine. Vemo, da je bilo v letu 1601 že popravljeno župnišče in da so stroški popravil znašali 236 renskih goldinarjev, v naslednjem letu pa sta bili popravljeni cerkev s stolpom in šola. Med požarom se je mestni stolp porušil na cerkev in ob tem podrl še obok srednje ladje. Meščani Maribora so za pet mesecev opremili 13 oboroženih pešakov, kar jih je stalo 482 florintov.
Tega leta je mariborsko župnijo v zelo težkih okoliščinah, po silovitem požaru, ki je močno prizadel cerkev in župnijsko poslopje, prevzel Jurij Pileator in jo vodil do leta 1630, ko je bil iz nje odstranjen. 27. julija 1601, takoj po smrti župnika Antona Manikorja (18. julija 1601), je mesto prosilo krškega škofa, da bi novi župnik postal njihov korni mojster Jurij Pileator, saj ga odlikuje znanje nemškega in slovenskega jezika.

1602

Mariborski lončarji so bili povezani v ceh od leta 1602, gotovo pa so lončarske delavnice obstajale že mnogo prej.

1603

Omenja se sodarski ceh. Kljub strogemu ukazu nadvojvode Ferdinanda II., da se s 15 markami zlata kaznujejo meščani, ki se udeležujejo bogoslužja predikantov, je število nekatoliških molilnic v okolici mesta naraščalo.