Portal Necenzurirano je poročal, da naj bi Milan Krek zapuščal položaj direktorja Nacionalnega inštituta za javno zdravje (NIJZ). Krek se na naše klice ni odzval, so nam pa iz službe za odnose z javnostmi NIJZ sporočili, da Krek ni podal odstopne izjave. Krek je nato za Delo dejal, da ne namerava odstopiti in da si želi, da z ministrom za zdravje Danijelom Bešičem Loredanom
poiščejo najboljše rešitve za razvoj zdravstvenega sistema. Krek in Bešič Loredan sta se srečala včeraj, minister za zdravje pa je dejal, da o morebitnem odstopu direktorja NIJZ ne ve nič: "To je stvar Milana Kreka. Včeraj sva se srečala, se pogovorila in potem je šel iz pisarne. Kaj pa bo Milan Krek naredil, je stvar Milana Kreka in ne ministra za zdravje." Na vprašanje, ali sta govorila tudi o možnosti Krekovega odstopa, je Bešič Loredan ponovil, da je to stvar Milana Kreka. Ta je sicer že pred časom dejal, da ne namerava odstopiti s položaja.
Krek je vodenje NIJZ prevzel konec aprila 2020, njegov mandat na čelu inštituta pa je najbolj zaznamovala epidemija covida-19. Na Kreka so vseskozi letele kritike zaradi slabega upravljanja z epidemijo covida-19, javnost pa je kot problematične ocenila tudi nekatere njegove javne nastope. Na novinarski konferenci o načrtu cepljenja proti covidu-19 je Krek postregel s pripombo, da je kuga v srednjem veku pomorila zelo veliko Evropejcev, od takrat pa da so ljudje začeli na solato zlivati kis. Krek se je sicer moral v javnosti zagovarjati tudi zaradi tega, ker je oktobra 2020 na enem od bencinskih servisov v Ljubljani gorivo točil brez zaščitne maske, brez slednje pa je vstopil tudi v poslovalnico. Krek se je za nespoštovanje vladnega odloka opravičil, a je po navedbah očividcev na omenjeni bencinski servis večkrat prišel brez maske. Direktor NIJZ je bil na ulici tudi tarča nadlegovanja s strani glasbenika Zlatana Čordića Zlatka. Čordić je Kreka snemal in mu postavljal vprašanja v povezavi z epidemijo, kar so na NIJZ ostro obsodili in dogodek prijavili pristojnim organom. Čordić se je Kreku za incident kasneje opravičil.
Najresnejši kandidat za novega šefa NIJZ Branko Gabrovec
Po poročanju portala Necenzurirano je nova vladna koalicija že izbrala Krekovega naslednika na vrhu NIJZ. Če se je v zvezi s tem najprej omenjalo epidemiologa in nekdanjega direktorja NIJZ Ivana Eržana, naj bi bil zdaj v igri za novega šefa NIJZ visoki uslužbenec na inštitutu Branko Gabrovec, ki pri stranki SD vodi odbor za zdravstvo. Krek je napovedi Roberta Goloba, da bo nova vlada zamenjala vodstvo inštituta, označil za nedopustno vmešavanje politike, saj da je to v rokah sveta zavoda. Golobova vlada je sicer že na prvi seji zamenjala vladne predstavnike v svetu NIJZ. Razrešili so Roka Tavčarja, Mateja Forteja, Marijo Rogar in Silvo Duh, na omenjene položaje pa so imenovali Mitjo Blaganjeta, Mileno Kramar Zupan, Braneta Bregarja in Andraža Jaklja.
